第一卷 短毛反贼 历史考察
乾嘉时期白莲教起义是困扰统治者的最大社会问题。乾隆朝的社会矛盾引发了白莲教起义，这位名噪历史的帝王倾其全力，也没有平息这场动乱。嘉庆朝为了镇压白莲教为主的大起义，几乎耗费了嘉庆一生的精力。本文就嘉庆朝对白莲教起义的镇压过程进行综合评析，以揭示嘉庆朝衰弱的原因。.
自乾隆中叶以后，在清王朝统治下的封建社会中，土地高度集中，经济日益凋敝，财政匮乏，吏治**，军备废弛。曾经盛极一时的清王朝逐渐走向衰落，随之而来的，则是在全国范围内阶级矛盾、民族矛盾的迅速激化。
清中叶以后，随着地主阶级政治、经济势力的日益巩固和发展，贵族、官僚、地主、大商人开始了对土地的疯狂兼并。满族贵族在入关后，即以皇室庄田、宗室庄田、八旗田等名义圈占了大量土地。康熙八年1669年清廷虽然正式下达了停止圈地的命令，但此后满族贵族仍依恃政治特权继续广占良田。乾隆时，仅由皇室控制的官田皇庄即达8000余万亩。满族大官僚亦竞相抢占土地，乾隆宠臣和?占地8000余顷。汉族大官僚对土地占有的数目也十分惊人。康熙时的大官僚徐乾学在江南苏常一带占有大量土地，仅无锡一地，占田达10000顷。大商人对土地的兼并亦动辄成千累万。乾隆时直隶怀柔郝氏，“膏腴万顷”①。贵族、官僚、地主、大商人对土地的兼并，使大量土地集中在少数人手里，而广大农民则纷纷破产，流离失所。早在乾隆十三年1748年，湖南巡抚杨锡绂即指出湖南土地高度集中的严重情况，他说：“近日田之归于富户，大约十之五六。旧时有田之人，今俱为佃耕之户。”②土地的集中，势必导致“富者田连阡陌，而贫者无立锥之地’’的严重局面。大批失去了土地的农民，或沦为佃户和雇工，或成为耕无田，居无定所的流民。沦为佃户的农民被迫承受地主阶级高额地租的残酷剥削。当时的地租率，至少是四六分成即地主四，佃户六，一般是对半分成，主佃各得一半。佃农除了向地主交纳正额地租外，往往还得向地主缴纳名目繁多的附加租。各种节令时日，农民要向地主缴纳鸡、豕、鱼、帛等等应时之物。除此而外，农民还需负担清政府的各种捐税。这样，农民终年辛勤所得，已大部甚至全部被地主阶级和封建国家剥夺殆尽，一遇水旱虫灾，农民竭其所有亦不能完纳地租捐税。因失去土地而沦为流民的大批农民，有的不顾清政府的禁令，进入清政府封禁的东北、蒙古及沿江沿海垦殖。他们披荆斩棘艰苦备尝；还得设法应付官府的驱逐，颠沛流离，难以安定；有的流落城镇。街头，沿街乞讨，朝不保夕。土地的高度集中，苛重的封建剥削，将广大农民逼得走投无路，无以为生，社会阶级矛盾迅速激化。在乾隆中叶社会矛盾普遍激化的情况下，川、楚、陕地区尤为尖锐激烈。这些地方的土地大部分集中在地主手里，大部分农民沦为佃农，终岁勤恳劳作，所得粮食除完交地主租息外，余存无几。“且佃户惟恐地主夺田另佃，往往鸡豕布帛，无不搜求准折，甚至有卖男鬻女，以偿租者。”③而这些地区政治的黑暗**，官吏肆无忌惮地贪赃枉法更甚于他处。乾隆末年，毕沅为湖广总督，福宁为湖北巡抚，陈淮为湖北布政使，这三人官官相护，千方百计婪索民财。当地人民形容他们三人说：“毕如蝙蝠，身不动摇，惟吸所过虫蚁；福如狼虎，虽人不免；陈如鼠蠹，钻穴蚀物，人不知之④。”乾隆末年，清政府为了镇压苗疆起义，“派及数省，赋外加赋，横求无已”⑤。由于湖北临近湘、黔，故差徭尤多，贪官酷吏，藉此“奉一派十，渔利侵肥”⑥。在封建统治者残酷的经济剥削和政治压迫下，这些地区成千上万的农民被迫离开祖居之地，成为流民。当时川、楚、陕边界的南山、巴山老林地区成为四川、湖北、河南、江西、安徽等省流民的集聚之地。
在四川、湖北、陕西三省交界地区，群峦起伏，丛林密布，千山万壑，深谷纵横，自然形势十分险峻。乾隆末年、嘉庆初年聚集在这里的流民达数百万之多。他们主要是失去土地的农民，失业的水手，以及因清政府的严缉而失去生活手段的靠私盐、私铸为生者。这些人扶老携幼来到深山老林，结草为棚，或垦荒，或到木厂、炭厂、林厂做工，但仍摆脱不了地方官吏、地主豪绅、地痞恶霸的压榨、欺凌。这些社会恶势力串通一气，“无风生浪，遇有棚民有事，敲骨吸髓”⑦。山民受其摧残，无处可以评理，更没有地方可以伸冤。备受凌虐的流民，被逼铤而走险，走上了以斗争求生存的反抗之路，流民成为川楚陕农民起义的基本群众。
川楚陕农民大起义是以白莲教为纽带，经过长期的酝酿、宣传、组织发动起来的。白莲教是一种历史久远的流传于民间的秘密宗教。白莲教向人们揭示的光明战胜黑暗的前景，它所宣传的“有患相救，有难相死”⑧的贫困相助，患难与共的互助精神和“教中所获赀物，悉以均分”⑨、习教之人“穿衣吃饭不分你我”⑩的教义，它的传教者采取的以行医、贸易的合法身份、授人以拳术、静坐、气功等健身方法的传教手段，对于处于水深火热中的破产的农民，失业的手工业者有很强的吸引力，故信奉者日众。白莲教自传世以来，一直是作为历朝封建统治者的对立物出现的。在中国封建社会历史上，发生过多次以白莲教为组织形式的起义，因而历代封建统治者对白莲教实行严厉禁止和残酷镇压。乾隆中期以后，随着社会矛盾的日益激化，白莲教的组织得到迅速发展。河南、安徽等地一些著名的白莲教首领，以祈祷、符咒、治病、行商为掩护，活跃在黄河、淮河、长江流域的广大地区。乾隆对被抓的白莲教首领采取“从重问拟，实力穷究，务绝根株”，（11）的残酷镇压政策。乾隆五十九年1794年六月以后，清廷开始了对六省白莲教的全面镇压行动。一时间，大批教徒被捕，许多著名教首被处死。还有许多地主官吏“竟以查拿邪教为名，四处搜求，任听胥役多方勒索，不论习教不习教，只论给钱不给钱”（12）。武昌知府常丹葵，奉檄查缉荆州宜昌，株连罗织数千人，惨刑勒逼。“以铁钉钉人壁上或铁锤排击多人，饥寒就毙，浮尸于江，殁狱中者亦无棺敛。”（13）四川达州知府戴如煌，“借查拿邪教为名，将殷实之家肆行讹诈”，“任内赃私狼藉，民怨沸腾”，他私设衙役至五千名之多，凡有习教之人，无不遭其索诈，以致不能安身，遂萌异志”（14）。乾隆末年清政府实行的查缉教徒，纵官虐民的反动措施，等于给布满干柴的川楚陕地区投下了火种，酝酿已久的川楚陕农民起义的熊熊烈火迅速冲天而起。
嘉庆元年1796年正月，湖北荆州、枝江、宜都的白莲教首领聂杰人、张正谟等，在“官逼民反”的口号下，首先举起了反抗的旗帜。宜昌长乐、长阳白莲教众起义响应。二月当阳教首杨起元率领教众杀死县官，占领了县城。三月初，襄阳、樊城教众在姚之富、王聪儿、王廷诏、张汉潮、高均德领导下举义响应，连续攻陷竹山、保康、来凤等地。起义迅速由湖北向四川、河南、陕西等省蔓延。数月之间，湖北西北部五府襄阳、郧阳、宜昌、施南、荆州一州荆门及四川的酉阳、河南的邓州、新野，到处都燃起了农民起义的烽火。起义军把斗争矛头指向封建地主阶级，提出“天上换玉皇，地府换阎王，另议孔夫子，不用四书五经”（15）的战斗目标。有的起义军还建立了自己的政权，自立年号，任命官吏。在迅速发展的各支起义军中，湖北襄阳义军发展最为迅速，势力最大，这支起义军很快拥有数万之众，遂成为起义军的主力。迅猛发展的白莲教起义，使清廷惊恐万状。太上皇乾隆立即调兵遣将，全力展开了对起义军的围歼镇压。清军首先将围剿目标集中于湖北襄阳，企图通过击破势力最大的襄阳起义军，达到“群盗自瓦解”的目的。起义军面对清廷大军围剿，毫不退缩，扩大活动范围，在广大区域内实行流动作战，使清军疲于奔命，劳顿不堪。在清军集中兵力围剿湖北起义军时，同年九月，四川达州徐天德，太平、东乡王三槐、冷天禄等“激于胥役”，相继率众起义，起义者中有乾隆在大小金川用兵失利时溃入老林的散兵游勇，时称“?噜党”者。其余大部分则是失业的手工业者、运输工人、破产农民，以及由湖北转移来的零散起义军。他们具有坚决的反抗意志，和“一旦揭竿如数习”（16）的丰富战斗经验。而川东数州县，皆连大小巴山，袤延千余里，起义军出没其中，清军无可奈何。四川起义军利用有利地形，大败清军。起义军乘胜向陕西境内发展，数支起义军分别向兴安府的安康、平利、紫阳等县发动进攻。嘉庆二年1797年正月，湖北襄阳起义军分兵三路挺进河南。起义军避开敌人的主力，“不整队，不迎战，不走平原，惟数百为群，忽分忽合，忽南忽北”（17）。起义军所到之处，穷苦农民纷纷加入起义行列。十多万白莲教起义队伍，或分或合，活跃在湖北、四川、河南、陕西等数省广大地区。从嘉庆元年开始，乾隆先后调遣陕西、广西、山东、直隶、山西、云南、吉林、黑龙江等省兵力以及京师健锐、火器营兵力，甚至“赦蒙古窃马谪犯之在湖广、河南者从军以助骑队”（18），都无法将起义烈火扑灭。嘉庆四年正月，太上皇乾隆带着对农民起义的刻骨铭心的仇恨死去，将镇压白莲教起义的遗愿和一个日渐衰败的王朝一同交给了嘉庆。
亲掌政权后的嘉庆，面对乾隆留下的种种严重的社会问题，毫不迟疑地将镇压白莲教起义摆到了议事日程的首位。对农民起义实行残酷地镇压，是嘉庆坚定不移的方针。嘉庆四年正月初四，嘉庆在亲政后的第二天，就在上谕中历数四川、湖北、陕西督抚及带兵大臣和各路将领“奏报粉饰，掩败为功”，“冒功升赏，营私肥橐”的种种劣行。嘉庆在上谕中说：因为在军营中可以捞到好处，即便是那些在京城供职的谙达、侍卫、章京等，遇有军务，无不营求前往。那些从军营返回京城的人，即使是平时家境很困顿的人，顿时家境也变得充实起来。这些人到军营大捞一把之后，往往以祭祖扫墓为名，托词请假，以所蓄之资回籍置产。正因为军营中有这样大的好处可捞，故而各路带兵大员，有意迁延，藉此肥己私囊。嘉庆诘问：你们的钱从哪里来?无非是婪索地方官所得。地方官又索之何处?又必取之百姓。老百姓的脂膏有多少?怎能供地方官不断索求?嘉庆断言：“此等教匪滋事，皆由地方激成！”嘉庆对各地官员、各路将领矫饰欺隐的做法尤其愤愤不已，他严令他们“戮力同心，刻期灭贼，有仍欺玩者，朕惟以军法从事”（19）。此后，嘉庆采取了一系列措施，以促进对农民起义的镇压。
诛和坤，清除妨碍军事围剿的军中积弊，是嘉庆采取的第一个重要措施。嘉庆认为，白莲教起义历经三载尚未荡平，完全是因为和?“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意旨，虚报首级，坐冒军粮”，以致“军务日久未竣，贻误军国”（20）。嘉庆为此毫不迟疑地诛灭了和?。在清除和?后，嘉庆立即着手解决影响军事围剿的另一重大弊窦――军中将领及督抚大员的冒功侵饷问题。为了围剿起义军，清廷自嘉庆元年至四年耗费军饷7000余万两。然而这成千上万两的军饷或被诸将克扣侵吞，用以寻欢作乐，“军营中酒肉声歌，相为娱乐。”（21）或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损。军，正是这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”，军营大员，“藉剿贼为名，稽延时日，不愿蒇事。……以养寇为肥身之计，以糜帑为饱橐之资。纵贼蔓延，日久未灭”（22）。嘉庆为了实现“刻期灭贼”的围剿计划，下决心对此大加整顿。嘉庆四年八月，湖广总督景安弹劾襄阳道胡齐仑冒功侵饷。嘉庆立命将胡齐仑逮交刑部审讯，籍没其家产。同年十一月，查证确实，胡齐仑经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送。他还将大量军饷据为已有。在查办胡齐仑案件时，仅在他的官署内即抄出白银51429两。据有人估算，胡齐仑侵饷达数十万之巨（23）。嘉庆愤怒地将其处绞，同时还对“公然提用军需正项，信任胡齐仑一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅加以处理，革其子世袭职。对受贿的统兵将领明亮、永保、庆成、鄂辉等人皆籍没其家。嘉庆在处理湖北胡齐仑冒功侵饷案时，同时令魁伦、广兴严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”（24）。为了及时掌握军饷的动用情况，嘉庆采纳了陕甘总督松筠提出的“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用混乱的情况得到扭转。这样就使财政已陷入困境的清廷有可能将军饷最大限度地用于围剿战争。
更易统兵大员，严惩不力将吏，严密军事部署，是嘉庆加速围剿农民起义的又一重要措施。嘉庆亲政后，针对当时从全国各地调遣而至的各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”（25）。嘉庆令勒保“带领重兵，或于川省，或于陕西，择扼要适中之地，居中调度，统摄各路”。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆还给勒保对不尊军令、贻误重大军情者，“一面拿究，一面具奏”（26）的特权。在任命勒保为经略大臣的同时，嘉庆授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路。”这样，嘉庆完成了亲政后新的军事部署。被委以重任的勒保，制定了先筹川陕的用兵计划。他坐镇四川，督率多路清军，在川陕地区对起义军围追堵截。然而，时过半载，据驻达州治四川军需的副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增，……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”（27）这说明，四川起义军不但没有被消灭，声势反而越剿越大。嘉庆迁怒于勒保。同年七月，嘉庆以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪。其经略事务，以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将明亮免职。嘉庆四年八月，卒以都统额勒登保代之。半年之内，嘉庆三易统兵大员，充分反映了嘉庆亲政后急于将农民起义镇压下去的急迫心情。
额勒登保系清军中一员悍将，他在清廷镇压苗民及川、楚、陕白莲教起义中，“战绩为诸军最”（28）。额勒登保不仅因其奋勇善战为嘉庆所看重，其军纪的严明和自身的廉洁更得嘉庆的赏识。额登保注重军纪，他的军队经过之地，民间竟能“无不安堵欢迎”（29）。额勒登保自律甚严，在清查湖北胡齐仑一案时，发现当时参预军事的有关督抚将帅无不受胡齐仑馈遗，独额勒登保一人是个例外。嘉庆最终选择额勒登保为经略大臣，这就为他成功地推行剿抚兼施的反革命两手策略准备了必要的条件。
清廷历经数载，耗帑千万而不能将川陕农民起义镇压下去，究其原因，实在和清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将起义军逐出管辖地段而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为名，远远避开起义军的锋芒，只是逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时民间流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”，“贼来不见官兵面，贼去官兵才出现”的歌谣，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安是其中最为突出的一个。景安率军驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南境内。然而，景安惟知远避尾随，故人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆亲政后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以严厉惩处。嘉庆以惠龄为贼所轻，令回京守制”；以宜绵“屯驻无贼之处，从未与贼交锋，且已老病，令解任来京”；以秦承恩“上午贼逼西安，……不即督兵剿贼，且官声平常，交刑部治罪”；以景安“堵剿皆不尽力，驻军南阳，任楚贼犯豫，直出武关，惟尾追不迎截，至有迎送伯之号，……特逮下狱，拟重辟”（30）。嘉庆又针对各地官员“皆自顾疆域，以逐出为邀功，从不力加痛剿”（31）的弊端，借严惩不力将吏官员之机，进一步明确了各省将吏防守围剿之责，令各省督抚将帅“各歼贼本境。倘有逸出邻境者即治以纵贼之罪；其邻省边备不严者，即治以疏防之罪”（32）。嘉庆于亲政后数月之内，更易统兵大员，严惩不力将吏，运转不灵的战争机器，在嘉庆的调拨之下，迅速运转起来。
实行剿抚兼施的两手政策，是嘉庆镇压白莲教起义的重要手段。清廷镇压农民起义历久不能奏效的事实，迫使嘉庆不得不改变乾隆时的单纯军事围剿政策，采取剿抚兼施的新政策。嘉庆宣布：“除著名各首逆自当悉数歼擒，断难宽宥外，其余逼迫附和之众，若有临阵投降，悔罪乞命者，不妨剿抚兼施，以期解散贼党”（33）。嘉庆四年正月，嘉庆在一份上谕中把这种政策阐释得更具体：“各路贼队中之良民，如有能缚献贼首，悔罪立功者，不但宥其前罪，尚可……格外邀恩。否则或潜行散去，或临阵投降，亦必释回乡里，俾安生业。”（34）嘉庆令勒保将此谕遍行晓谕川陕豫各地。此后，剿抚兼施政策被嘉庆采取各种具体办法将其付诸实施。优擢“良吏”，惩办贪官酷吏，是嘉庆推行剿抚兼施政策的重要措施。嘉庆如历史上所有的封建统治者一样，当他们面临农民起义的急风暴雨、陷于没顶之灾时，总是企图以惩办几个贪官污吏的办法，来逃脱覆没的命运。嘉庆亲政后，抓住起义军首领王三槐供词中“官逼民反”一句，将封建剥削、压迫罪责归咎于和?一人，并将和?作为替罪羊加以诛灭的做法，即是毫无新鲜之处的故伎重演。然而，和?既伏诛，川楚陕豫人民起义仍如火如荼。处于惶急窘迫之中的嘉庆，只好抛出更多的替罪羊。于是，老病贪劣在他治下民怨沸腾的四川达州知府戴如煌以及在奉檄查缉时，株连无辜数千，惨刑逼勒的武昌同知常丹葵均被逮京治罪。与此同时，一些为官清廉，官声尚好，政绩卓著的官员则被嘉庆视为推行剿抚兼施政策的得力工具被优擢任用。当时，四川广元县知县刘清、巴县知县赵华，渠县知县吴桂，均被破格保荐。后来的事实证明，嘉庆“害民之官必宜去，爱民之官必宜用”的政策，对推行剿抚兼施政策确起了很大作用。尤其是那些久负清名的官员。他们的被破格提拔，为嘉庆的招降抚绥政策所起的作用是其他措施无法与之相较的。广元县知县刘清，字天一，广顺人，由拔贡议叙，授四川冕宁县丞，寻擢南充知县，政声为一省之冠。嘉庆元年当白莲教起义爆发时，刘清即利用其声名，募乡勇500人，与总督英善所率清军相配合，进攻四川达州徐良德部起义军，又奉命赴罗其清、王三槐等部起义军中实行招抚，无功而返。嘉庆三年1798年，刘清署广元县事。总督勒保进攻驻扎安乐坪的王三槐部，久攻不下，复令刘清前往招抚。王三槐为清廷招抚宣传所误，对自白莲教起义来屡次率乡勇血腥镇压起义军的刘清深信不疑，竟“自诣大军”，被勒保拘执。勒保卑鄙地以“生擒首逆奏”，并将王三槐械送至京。嘉庆亲自讯问王三槐。当嘉庆责问王三槐何以背叛朝廷揭竿造反时，王三槐答以“官逼民反”。嘉庆又讯问：“四川一省官皆不善耶?”对刘清仍执迷不误的王三槐答称：“惟有刘青天一人。”王三槐所指刘青天即刘清。嘉庆听了王三槐之供大喜过望。有青天之名的刘清是可以在推行剿抚兼施的政策时发挥重作用的。嘉庆立即传谕总督勒保：“朕闻刘清官声甚好，每率众御敌，贼以其廉吏，往往退避引去。如果始终奋勇，民情爱戴，著勒保据实保奏。”（35）勒保遵命将刘清治绩战功奏上，嘉庆立即将其晋秩同知直隶州，赐花翎。于是刘青天之名闻天下。刘清获此殊遇，更加不遗余力地推行剿抚兼施政策。嘉庆四年1799年，已被加知府衔的刘清，奉参赞额勒登保之命，赴通江、巴州招抚起义军。起义军中先后投出20000余人，刘清以功加道衔，又擢建昌道。嘉庆五年1800年，刘清纠集民团守潼河，又奉勒保命继续招抚活跃于通江、巴山之间的起义军。刘清屯要隘，且剿且抚。起义军或被镇压，或被招抚，“巴州匪遂灭”，刘清大功告成。由此可见，嘉庆破格提拔像刘清一类的“清官”，对他最终地镇压白莲教起义是起了极大作用的。仅刘清一人，在军7年，先后招抚30000余人。对受抚群众的安置，是剿抚兼施政策成败的关键。嘉庆深知，经过多年战火，许多地方室庐焚荡，田亩抛荒，受抚之民“欲返则无所归，即归亦无所食，其势不得不托贼巢为栖身之所，藉盗粮为煳口之资”（36）。这样，势必使招抚成为空谈。嘉庆为了使“此番安集，即成永远规模”（37），遂命刘清及四川素有清名的州县官，悉心妥议，对于他乡流落者如何资送还农?失所无依者，如何编丁占籍?四川各地遵嘉庆之命采取各种形式安置、遣散接受招抚的起义群众。刘清采取“向富室巨商贷金”的办法重犒遣散起义者。勒保于四川采取了抚恤难民，给资安插的做法。嘉庆对此深表赞许，认为勒保这样做“使民生既获安全，贼党又可解散，为一劳永逸之计，是用所当用”（38）。继而，嘉庆认为，只是官给银两，仍不能从根本上解决问题，因为“难民就抚之后，无家可归，无地可种，即官给银两，藉资口食，只能赡给一时，亦岂能久安生计?若资粮用尽，无以自存，势必故智复萌，仍为草窃之事”（39）。嘉庆为此提出抚绥三策：“或清查叛产；或量给流亡绝户；或于南山老林垦荒，暂免升科。”（40）嘉庆四年十月，嘉庆获悉陕西终南山地区起义军已被镇压，于是提出将绵延八百余里的终南山山内老林，量加砍伐，“其地亩可拨给流民自行垦种，而所伐树木，即可作为建盖庐舍之用”（41）。嘉庆令地方官根据山内地方形势广狭，或分建县治，或设立厅署，并安设营汛，移驻兵弁，对新安置地区的群众加以管束弹压。嘉庆以为，在采取了这样一系列做法之后，可使流民成为土著，各安本业，“有恒产必有恒心”，就可以从根本上解决招徕安抚的问题了。然而，清政府对起义军的招抚及安置政策，并没有如嘉庆所期望的那样发生“翕然来归”的预期效果，起义军并没有因嘉庆的一纸诏令即“闻风踊跃，争先来归”。结果是“虽有招抚之空谈，总未能收解散之实效”（42）。恼羞成怒的嘉庆除了一面令经略勒保继续广为传谕朝廷的招抚安置政策而外，又发布了一道又一道残酷的围剿令，嘉庆五年正月，嘉庆在上谕中严命各地将吏：“必能剿而可以言抚。……一处未尽即一日不能蒇事”，对起义者“必须痛加歼戮”（43）。嘉庆对招抚失去了信心，声称：“看来此等匪徒，怙恶已深，愍不畏死，势难藉招抚为解散之计，惟有痛加剿杀，?尽根株。”（44）其实，嘉庆提出的剿抚兼施政策中的剿和抚都是服务于迅速将农民起义镇压下去这同一目标的，二者之间并没有本质的区别。嘉庆在实施这两手政策时，也是始终将血腥镇压置于首位的。嘉庆五年，面对剿、抚都不能立见成效的胶着之局，嘉庆亲制《邪教说》一篇，申明“习教而奉公守法者，不必查拿，其聚众犯法者，方为惩办”（45）。这种“但治从逆，不治从教”的虚伪宣传，也欺骗不了广大农民群众。因为清廷历来把白莲教视作异端邪说而严加禁止。从乾隆五十八年开始，更对白莲教徒实行残酷的镇压。川楚陕白莲教大起义正是由于清政府对白莲教徒滥捕滥杀而引起的。嘉庆的《邪教说》使广大人民进一步认清了清朝封建统治者的伪善面目。
实行寨堡团练的坚壁清野政策，是嘉庆为平定白莲教起义提出的各项政策中最为毒辣、亦最行之有效的政策。所谓坚壁清野，即“并小村入大村。移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生，贼至则闭栅登陴，相与为守”（46）。这种寨堡团练坚壁清野政策的提出和在部分地区实行，并不是在嘉庆亲政后。早在白莲教起义之初，一些起义军活动地区的地方将吏，针对起义军流动作战，随时随地得到人民的支持，而**不堪的八旗兵和纪律败坏的绿营兵因人民的反对而闭目塞听，只能对起义军尾随追击、被动挨打的情况，于湖北襄阳孝感的一二村市和长江沿岸的一些城镇修筑堡寨，以割断起义军与人民之间的紧密联系。这种做法收到了一定成效。嘉庆二年1797年九月，将军明亮、德勒泰建议清廷，于起义军活跃地区“劝民修筑土堡，环以深沟，其余因地制宜，或十余村为一堡，贼近则更番守御，贼远则乘暇耕作。”以使起义军“野无可掠，夜无可栖，败无可胁”（47）。清廷在当时尚没有认识到这种政策在扑灭白莲教起义中的重要作用。乾隆将筑堡团练的建议束之高阁。嘉庆亲政后，历经数月，多方整顿调度，仍不能置起义军于死地，遂广为推行寨堡团练的坚壁清野之策。嘉庆四年六月，嘉庆根据湖北孝感随州“寨堡团练”坚壁清野的经验，肯定这种政策为镇压起义之“良策”，且“行之已有成效”（48）。嘉庆命经略勒保等，于川、陕、豫等省各处村堡，仿照办理，“坚壁清野，以期贼踪敛戢”（49）。寨堡团练、坚壁清野之策从此开始被广泛推行。嘉庆四年七月，额勒登保继任经略，首先于川东川北各地“扼险筑寨，大者数千人，亦数百家，团练守御”（50）。额勒登保又令陕、楚“晓谕筑寨”。额勒登保不遗余力地推行寨堡团练政策，使嘉庆大为赞赏，令各地从速推行。既而，那彦成、松筠、台布、长麟将其行之于陕甘；后来，书麟、吴熊光将其行之于湖北。“先后三四载，堡寨告成”，使起义军“所至俱有堡寨星罗棋布”（51）。然而，这项政策在推行过程中，也不是很顺利的。有的省份推行得不十分迅速，其具体做法也不尽一致，效果自然也就不同。嘉庆为此大力加以督促。嘉庆五年，川东、川北因普遍实行“寨堡团练”，给起义军造成极大困难，起义军不得不离开川省转战陕甘。嘉庆因而指责陕甘督抚并未认真办理“寨堡团练”。嘉庆为此作了一个规定：“自后以剿捕责成领兵将帅，而团练守御则责成督抚。”（52）嘉庆再次严命“陕甘、湖广督抚严饬所属：山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守有成效者保奏，违者罪之”（53）。在嘉庆这一番实力督促之后，寨堡团练的政策才被普遍推广。面对“费帑不下十千万，调兵不下十余万，而贼奔突滋蔓如故”的现实，嘉庆深感八旗、绿营及各省所募散勇之不得力，同时各地也纷纷奏报兵力之不敷调用。因此，嘉庆在严命各地大力推行“扼险筑寨”、“掘壕筑堡”时，还极力提倡借乡勇之力来堵剿起义军，企图以团练乡勇的办法，节省“养疲兵，募散勇之资”，收“事半功倍”之效。嘉庆令各省督抚转饬地方官“聚集壮健，结队保守，贼至则合力迎御，贼去则仍安生业。……如百姓中有首先集勇御贼立功者，先行赏给顶戴，俟军务告竣后，送部引见。其办理妥协之地方官，亦据实奏明，候朕量加奖擢。傥不能实力督办，毫无守御，将地方官以军法从事”（54）。为提高乡勇的战斗力，嘉庆令各省改变过去“随时召集，贼至则聚而防守，贼去则散归本业”，以至“技艺生疏，毫无纪律，徒有虚名不得实用”的状况，要求对乡勇“勤加操练”，要“团而不散”（55）为了刺激各地乡勇头目更积极地为清王朝卖命，嘉庆又令改变过去军营中“临阵辄令乡勇居前，绿营兵次之，满兵、吉林、索伦又次之，……及战胜，则后队弁兵又攘以为功，而冲锋陷阵之乡勇反不得与，是以保奏皆满兵居多，绿营兵间有之，而乡勇见章奏者百无一二”的弊端，规定“嗣后乡勇有功，一例保奏，阵亡一例议恤”（56）。然而，嘉庆的一纸诏令，并不能杜绝军营中已成惯例的弊端，军中“无功者屡邀奖赏，而有功者转置不录”的情况仍然普遍存在。嘉庆不得不为此继续寻找对付的办法。嘉庆五年二嘉庆在上谕中宣布：“此后如再有乡勇出力，不行据实保奏，甚至将平日优待之人，冒名举荐，以及官兵等并未出力，攘他人之功以为己功者，并准乡勇自行首告，随时惩治。”（57）为了更有效地利用各地地主武装，嘉庆将团勇、乡勇严加区别，以各专责成，增强效用。他说：“如随营打仗，防守卡隘，官给盐菜、口粮，听候调拨者，谓之乡勇；百姓等自出己赀，修筑堡寨，择其中年力精壮各备器械，里民自行捐给口粮以为守御者，谓之团勇。”嘉庆全力推行的“寨堡团练”坚壁清野政策，给川陕农民起义带来严重后果。这种政策严重削弱了起义军赖以纵横驰骋、机动灵活地打击敌人的基础。因为它割断了起义军与广大贫苦人民的血肉关系，使起义军在人员的补充、粮秣的供给、情报的获取等方面产生了极大的困难。而各地乡勇、团勇或为清军查询道路、递送情报，成为清军耳目；或“百十成群，乘夜劫营”（58），”使起义军防不胜防，处处遭受突然袭击，日夜不得安宁。自清廷实行“堡寨团练”坚壁清野政策以来，白莲教农民大起义高涨的形势急转直下，“五年以前，贼势之炽者，以其到处裹人，胁从日众，抢掠民食，因粮于我也。自堡寨之议行，民尽依险结寨，平原之地，亦挖壕筑堡，牲畜粮米，尽皆收藏其中，探有贼信，民归寨堡，凭险据守。贼至，无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣”（59）。从封建统治者得意洋洋的矜夸之辞中，足见“堡寨团练”坚壁清野政策对川陕农民大起义的巨大破坏作用。
由于嘉庆亲政后，针对军中积弊和起义军本身的弱点，采取了一系列措施和新的政策，特别是寨堡团练坚壁清野政策，使起义军遭遇到极大困难，力量逐渐削弱。嘉庆五年下半年，许多著名的白莲教首领和起义军领袖相继被捕和战死，起义军不得不向川、陕、楚三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托南巴老林坚持斗争。对于这些拒不接受招抚、誓与清王朝斗争到底的起义军，嘉庆企图用重金悬赏的花招来捕杀起义军首领，使起义军因群龙无首而陷于瘫痪、瓦解。嘉庆六年1801年二月，嘉庆在诏书中对仍坚持斗争的义军首领实行列名悬赏：“现在群贼中，徐天德、王廷诏为起事首犯，高二即高天升、马五即马学礼、高三即高天德屡经戕害大员，元恶大憝，……因通谕立格，五逆擒歼一名者，官擢二等，兵勇超补守备，赏银二千；贼党缚献者，拔用千总，赏银一千。余如樊人杰、冉学胜、龙绍周、苟文明等，视此降一等有差。”（60）嘉庆在悬赏辑拿起义军首领的同时，又不断督促经略额勒登保与参赞德楞泰率军分路会剿，起义军面临的形势更加险恶。嘉庆六年二月，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等义军首领相继战死或被俘。至这年六月，起义军活动地区仅局限于川、陕、楚三省交界的老林寨堡之地，范围日见缩小，人数锐减至24000余人。然而，起义军没有放下武器，他们出没于丛山老林中，游击于清军力量薄弱的地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”（61）。前仆后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”（62）。为了对付起义军，嘉庆六年六月，清军各路将领于山西平利举行会议，确定了分兵合击的策略。德楞泰由西南逼攻，而额勒登保由东北邀击，两路会剿于三省之交。德楞泰还分选兵勇，每200为队，“冒教匪服色、旗号，以降贼为向导，或佯为合队，或乘夜袭营”（63）。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余10000多人。急于求胜的嘉庆限令额勒登保于嘉庆六年冬将起义军悉数歼灭。然而，嘉庆的限令并没生效。嘉庆七年1802年正月，活动于川北的义军首领苟文明联合其他零散起义队伍，聚众2000余人、骡马数百，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自以为已稳操胜券的嘉庆，因劳师糜饷、旷日持久而不能歼灭起义军而大动肝火，以惩办统兵将帅泄其愤。嘉庆以额勒登保撤防江兵勇及“追贼落后”，将其夺爵褫翎。五月，又以旷日持久、无方略，将其革职留任。同时，命令额勒登保“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏购”（64）。又给额勒登保立下“限六月内灭贼”的限令。额勒登保在嘉庆的催逼下，倾全力率军扑向起义军活动地区。义军首领樊人杰，苟文明等相继壮烈牺牲。但六月限期已过，起义军仍活动在丛山老林中，不断出击清军。直至嘉庆七年十一月，当起义军的著名首领大部分被俘或战死后，零星起义军千余人只能分散活动，其活动规模已非昔日可比。这一年十二月，经略额勒登保、参赞德楞泰会同川督、陕督、湖督，以大功戡定，用黄表朱里折六百里驰奏嘉庆报功请赏。嘉庆获报，大喜过望，立即“祭告裕陵，宣示中外。”对镇压白莲教起义的有功诸臣论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。嘉庆虽然以大功底定宣示中外，但没有立即下令撤兵罢战。嘉庆深知“一贼不尽，皆可滋蔓”的教训，因此，他命令经略、参赞“毋遽来京”，领兵诸帅也不要忙着解甲，仍要他们屯兵险要，穷追残余的起义军。直至嘉庆八年1803年七月，当嘉庆得到额勒登保“三省肃清”的奏报后，才令大批清军撤离。然而，嘉庆始料不及的是，在川、陕、楚三省交界处，起义军余部乘清军纷纷撤离之机，纷纷突出老林，四出活动。而大批乡勇与起义军的联合，使濒临最后失败的川楚陕农民大起义大有重振雄威的势头。清王朝在宣布“彻底肃清”后，大量撤裁乡勇。每名乡勇规定由官府给银五钱缴刀矛，银二两资送回籍。但是，绝大多数乡勇系贫无立锥之地的流民，他们本无家可归，无业可就，无田可耕。被遣散的乡勇纷纷进入深山老林，和起义军余部结合起来。而这时的起义军余部，人数虽不多，然而皆历经百战之余，有丰富的作战经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”（65）使清军剿不胜剿，防不胜防。统兵大员们一时束手无策，“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二三百贼而三省不得解严。”（66）嘉庆九年1806年二月，嘉庆只得再次派遣还京不久的额勒登保出都，以钦差大臣头衔赴陕，会同德楞泰围剿起义军。至这年九月，各路皆报肃清。然而，起义军余部的活动一直没有停止，直到嘉庆十年1805年五月，起义军的最后一个元帅王世贵牺牲，川、楚、陕农民大起义归于失败。
历时九年、遍及五省的白莲教农民起义被残酷地镇压了。嘉庆为镇压起义，先后调集了全国十六个省的兵力，耗费白银2亿两。清政府在镇压起义中，损失一二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，清政府拥有的武装力量因而受到极大的削弱，清王朝受到自立国以来前所未有的沉重打击。清廷镇压白莲教起义久久不能奏效的事实，充分暴露了清王朝外强中干的本质。从此，这个王朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆竭尽全力、尽其所能刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报又起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年1800年即发难于闽浙沿海，力量逐渐壮大。嘉庆九年1804年，起义军战船80余艘，进入福建沿海。福建水师避而不战，起义军击败浙江总兵胡振声。嘉庆愤而将金门镇总兵吴奇贵、副将张世熊等治罪，以福建水师提督李长庚总统闽浙水师，率温州、海坛二镇为左右翼，专剿蔡牵起义军。然而起义军仍不断发展。嘉庆十年1805冬，蔡牵聚集战船百余艘，率众2万多进攻台湾，自号镇海王。义军的迅猛发展，引起嘉庆的重视。这时，白莲教大起义已被镇压，这使嘉庆得以增强对蔡牵起义军的镇压力量。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆派将军赛冲阿，调四川兵3000赴剿。但是，起义军依靠战船武器的优势，和沿海人民的大力支持，顽强地抵御清军。起义军历经酷战“篷朽硝缺，一回闽地，装篷?洗，焕然一新，粮药充足”（67）。足见起义军和沿海人民的密切联系以及沿海人民对起义军大力支持的作用。而清军战船不得力，督臣又以费时费财不肯造新船，福建文武大员亦不能与海上的军事行动协调行动。嘉庆针对以上情况，不断采取措施，克服这些弊端。嘉庆为此撤换了督抚大员。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆诏责闽浙总督玉德历年废弛。不久，将其褫职，逮问治罪，以阿林保代之。后来，嘉庆又指责阿林保莅位苟且，忌功掣肘，专以去李长庚为事。嘉庆十四年1809年，又以方维甸代之。除了撤换剿办不力的督抚大员而外，嘉庆又故伎重演，把在川楚陕镇压白莲教起义的成功经验搬到了东南沿海。嘉庆十四年八月，嘉庆令于福建广东“近海各处村庄劝谕乡民各卫身家，自行团练，贼来既可抵御，贼去仍安旧业”（68）。嘉庆企图再次以寨堡团练的办法来割断沿海人民和起义军的联系，并增强围剿起义军的力量。同年，嘉庆还采纳了两广总督吴熊光的建议，“尽改粤粮水运为陆运，其南澳厅及琼州隔海者以兵护送，其硝磺各厂亦改商归官”（69）。企图以此斩断起义军粮食、火药的来源。蔡牵起义军在清军的全力镇压下，于嘉庆十五年1810年二月陷于失败。嘉庆王朝渡过了又一次危机。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年1813年，对清王朝造成更大威胁的天理教农民起义又在中国的北方、清王朝统治的心脏地区爆发了。
天理教又名八卦教，属白莲教的一个支派。直隶大兴的林清和河南滑县的李文成是著名的天理教教首。林清，祖籍浙江，后移居直隶大兴黄村，曾当过大兴巡检司书吏、江南粮道和丹阳县衙门的长随。嘉庆十一年1806年入教。因他经常赈济穷人，“有告贷者，辄给之，乡村仰食者万余家”（70）。故深得教众拥戴。入教不久，即被推为首领，主坎卦，称“天皇”。李文成，木工出身，嘉庆十六年1811年被推为教首，掌震卦，称“人皇”。天理教教首除林清、李文成而外，尚有冯克善、牛亮臣等。天理教盛行于山东、河南、河北、山西数省地区。由于它反映了贫苦群众摆脱贫困压迫、避劫消灾的愿望，故贫苦群众争相信从。教徒主要是农民、城市贫民、小手工业者和清政府的下级属吏、宫廷的低级太监等。教徒须每月纳钱少许，名曰根基钱、种福钱等，期待将来得到数十倍的补偿，甚至得到农民梦寐以求的土地。“输钱百文，许地一顷”的许诺，对广大农民无疑有很强的吸引力。
林清秘密于近畿一带宣传发动群众，尤其注重联络宫中低级太监入教。清宫中太监大多来自直隶农村贫苦之家，许多家庭素习天理教等宗教。加上他们入宫后，极端低下的社会地位和备受凌辱的生活境遇，使他们很容易就成为各种宗教的信仰者。李文成活跃在直隶、山东、河南一带，拥众数万，势最盛。林清、李文成南北呼应，积极准备发动武装起义。嘉庆十七年1812年正月，各地教首聚会河南滑县道口镇时，决定于嘉庆十八年1813年九月十五午时起事。约定届时李文成首先于河南滑县发动。同时，河南、山东、直隶各地即时响应，随后各路起义军直捣幽燕。林清则潜发于北京城内，在宫内太监的接应下，直捣内廷。内外配合，首先夺取北京城。起义计划确定后，李文成私买战马，蓄养士卒，铸造甲仗，颁发旗号，开始了紧张的起义准备工作。李文成等人的活动为滑县知县侦知，立即密封告知河南巡抚高杞、卫辉知府郎锦骐，但没有引起他们的重视。滑县知县强克捷决定自行其事，将李文成、牛亮臣等二十四人被捕下狱。李文成等遭严刑拷打，李文成足胫被夹断。天理教的其余首领以事迫不能俟期，被迫提前发动。嘉庆十八年1813年九月初七日，天理教徒3000余人攻进滑县县城，于大狱中救出李文成等，知县强克捷被愤怒的起义群众杀死。起义军据滑县，李文成于县署内设帐理事，封官拜将，受封者计有90多人。起义军还占领了军事重镇道口镇。滑县天理教起义后，早有准备的河南，山东交界处各县天理教徒纷纷响应。直隶境内的定陶、金乡、曹县亦同时“杀官围城”。嘉庆闻报，急令河南巡抚高杞，督同河北镇总兵色克通阿防堵，防止起义军渡河北上。以直隶总督温承惠为钦差大臣，偕古北口提督马瑜剿灭长垣、滑县起义军。又命山东巡抚同兴巡防山东边境，平定曹县、定陶等地起义军。又命陕西提督杨芳赴直隶“协剿”。河南、山东天理教起义军受到清军的四面阻遏。因而没能如约北上进攻北京。而蛰居京畿黄村的林清没有等待北上援军，在原定日期开始行动。林清将教徒200余人分为东、西两队。一队以祝五、屈五为首，由东华门进攻禁城；一路以李五、宋进财为首，由西华门进攻禁城。九月十四日，起义军由宣武门分别潜入北京城，“藏兵器，混入酒肆中”（71）。九月十五日午刻，东队由太监高泰、高广福引领进西华门。按照预先约定，太监王福禄、阎进喜在内接应。林清居黄村，坐待河南起义军至而后进。进入东华门的起义军，很快即被防守禁城的官兵觉察，城门立即被关闭，起义军大部被迫于混乱中撤离，冲入宫廷者仅陈爽等十数人。冲入内廷的起义军在协和门下遭到清廷侍卫的顽抗。起义军舍生忘死，拚死搏战，打伤许多护军，最后起义军也因力量过于单弱，被官兵擒杀。西路起义军80余人，进入西华门。起义军西向进攻大内，“误由尚衣监、文颖馆斩关入”，内廷侍卫得以关闭通向大内的隆宗门。在隆宗门外，起义军和官兵展开了一场生死搏斗。隆宗门久攻不克，二名起义军土兵奋勇越墙进入内廷被内监杀死。部分起义军又奋不顾身地由门外诸廊房“逾墙窥大内”，越墙进入内廷。这时，大部分起义军仍聚攻于隆宗门外，准备焚毁隆宗门。午后申时，诸王大臣率兵自神武门入内，镇国公奕灏将准备征发去镇压滑县起义的1000多火器营官兵调入增援。起义军很快陷入众寡悬殊的境地，起义军被擒被杀者70多人。当北京城内这场惊心动魄的搏斗发生时，嘉庆正行围热河，不在京师。皇子?宁等先还京师，身临其境。急迫中，?宁用鸟枪击中两名欲逾墙而入的起义军。事变发生的第二天，嘉庆才得到详细报告。嘉庆十分震惊。十七日，下诏罪己，装模作样地作了一番自我批评，同时，又把发生事变的责任完全推给下面，指责诸臣“因循怠玩”，“致酿成汉唐、宋明未有之事”（72）。嘉庆在热河还宫的途中，即迫不及待地谕令新任步军统领英和于京城及近畿大肆搜捕，“其三品以下官员以及军民铺户人等俱著逐户挨查”（73）。在清军的大搜捕中，林清于黄村被捕。十九日嘉庆还宫，于瀛台亲讯林清及内应太监，令“皆磔之，传首畿内”（74）。天理教起义军进攻皇宫的壮举被嘉庆淹没于血泊中，起义失败了。然而，隆宗门匾额上至今仍残留的箭镞痕迹，是中国农民阶级英勇无畏地反抗清朝封建统治的见证，它将成为中国人民的一笔精神财富，鼓舞千千万万的后来者。
进攻皇宫的起义军被镇压了，但燃及河南、直隶、山东的天理教起义仍在迅速发展。李文成起义军据滑县，精锐集中于“临运河，有积粮”的道口镇。嘉庆从天理教教徒突入宫门的严酷现实中意识到活动于清朝统治心脏地区的天理教起义军给清朝统治带来的巨大威胁，因此在对北京及近畿天理教徒大力镇压以后，立即重新部署兵力，妄图一举扑灭天理教起义。嘉庆以陕甘总督那彦成代替温承惠为直隶总督，佩钦差大臣关防，令其节制山东、河南诸路清军，陕西提督杨遇春副之；又调满洲健锐、火器营兵2000及西安、徐州兵数千前往围剿。十月，那彦成至卫辉。因滑县、道口起义军兵力强盛，那彦成遂以“厚集兵力，一鼓灭亡”为辞，屯兵不进，并请俟调山西、甘肃、吉林索伦兵5000而后进。那彦成的迟疑观望，使求胜心切的嘉庆很恼火，“诏切责之”，那彦成在嘉庆的催逼下开始采取军事行动，渐次攻陷起义军据守的道口外围的周潭村、连庄、罗家寨等地。起义军撤回道口，挖壕固守。十月二十七日，清军会攻道口。起义军据城固守，终因抵挡不住清军猛烈的炮火及马步兵的连续攻击，道口失陷。数以万计的起义军死于敌人的炮火中，道口镇中“尸骸枕藉，盈街满屋”（75）。起义军的力量受到严重损失。嘉庆在清军攻陷道口后，一面令清军进围起义军基地滑县，同时遣将调兵，镇压直隶开州起义军，山东曹州起义军，妄图一举扑灭三省起义军。在清军全力围攻下，十月，山东境内的数支起义军先后失败。十一月，直隶天理教重要首领冯克善在献县被清军俘获，直隶境内的起义军亦归于失败。嘉庆在剿灭山东、直隶起义军后，立即命令将兵力集中进攻滑县。滑县为滑州旧治，城墙坚厚，外砖内土中沙，清军炮火也奈何它不得，再加起义军为坚守滑县作了充分准备，储备的粮食足支一年。面对这样一座壁垒森严的城池，清军以10000余兵力将其重重围困。滑县的形势日益危急，据守桃源的义军首领刘国民潜入滑县城，轻车载负胫创不能骑的李文成突出因一苇塘清军无法围困的北门，进入辉县山中的司寨。那彦成立命将领率军追击。十一月十九日，清军设伏白土岗，将突出司寨的起义军2000余人击溃，清军紧紧围困住司寨。二十日，清军对司寨发动总攻击。起义军据险守御，自晨至午，双方伤亡很大，“坠涧壑死者无算，尸与涧平。”⑩清军踏着枕藉的尸骸越壕而入，起义军与之展开了激烈巷战，起义军退守十余座以砖石作墙的碉楼，抗击着数倍于自己的敌人。无计可施的杨芳残忍地下令焚寨。立时寨内烟火蔽天，起义军被烧死无数。李文成、刘国民被围困于一碉楼中，誓不投降，举火**，“数十人群相拥抱而死”（77）。据守司寨的起义军数千人全部英勇战死。司寨失陷后，滑县成为起义军最后一个据点。嘉庆令将各路军马调集滑县，昼夜环攻。这时，陕西岐山县三才峡木工又举起了反清武装起义的旗帜，嘉庆更急不可耐地“督诸将刻期破贼”（78）。由于滑县城墙坚厚，起义军坚持不懈地守御，使清军围攻滑县数旬不克。清军于城外掘隧道十余条，都被起义军发现，“或水灌之，或濠截之”（79）。诡计多端的杨芳佯筑他栅，吸引起义军的注意力，同时遣人仍掘旧壕，实满火药。十二月初十日，随着一声惊天动地的巨响，西南角城墙被地雷崩裂二十余丈，清军乘势涌入。起义军据民房顽强抵抗，“巷战至夜”。滑县县城被清军攻陷，滑县内的起义军二万余人在血战中牺牲。清军攻陷滑县后，进行了残酷的大屠杀。城内“积尸若山阜”。起义军首领大部战死，牛亮臣、徐安国等被槛献京师，嘉庆令将其凌迟处死。嘉庆在继镇压白莲教起义后，又残酷血腥地镇压了直隶、山东、河南的天理教起义。
综览嘉庆一朝，人民的反抗，几乎没有停止过，这正是当时社会阶级矛盾极度尖锐化的反映。嘉庆企图以对农民起义的残酷镇压来挽救王朝的统治危机。然而，压迫愈重，反抗愈烈。嘉庆对人民起义的血腥镇压只会激起人民更大规模的反抗。嘉庆朝历久不衰的人民反抗斗争浪潮，预示着清王朝不可避免的日渐走向衰亡的命运。
自乾隆中叶以后，在清王朝统治下的封建社会中，土地高度集中，经济日益凋敝，财政匮乏，吏治**，军备废弛。曾经盛极一时的清王朝逐渐走向衰落，随之而来的，则是在全国范围内阶级矛盾、民族矛盾的迅速激化。
清中叶以后，随着地主阶级政治、经济势力的日益巩固和发展，贵族、官僚、地主、大商人开始了对土地的疯狂兼并。满族贵族在入关后，即以皇室庄田、宗室庄田、八旗田等名义圈占了大量土地。康熙八年1669年清廷虽然正式下达了停止圈地的命令，但此后满族贵族仍依恃政治特权继续广占良田。乾隆时，仅由皇室控制的官田皇庄即达8000余万亩。满族大官僚亦竞相抢占土地，乾隆宠臣和?占地8000余顷。汉族大官僚对土地占有的数目也十分惊人。康熙时的大官僚徐乾学在江南苏常一带占有大量土地，仅无锡一地，占田达10000顷。大商人对土地的兼并亦动辄成千累万。乾隆时直隶怀柔郝氏，“膏腴万顷”①。贵族、官僚、地主、大商人对土地的兼并，使大量土地集中在少数人手里，而广大农民则纷纷破产，流离失所。早在乾隆十三年1748年，湖南巡抚杨锡绂即指出湖南土地高度集中的严重情况，他说：“近日田之归于富户，大约十之五六。旧时有田之人，今俱为佃耕之户。”②土地的集中，势必导致“富者田连阡陌，而贫者无立锥之地’’的严重局面。大批失去了土地的农民，或沦为佃户和雇工，或成为耕无田，居无定所的流民。沦为佃户的农民被迫承受地主阶级高额地租的残酷剥削。当时的地租率，至少是四六分成即地主四，佃户六，一般是对半分成，主佃各得一半。佃农除了向地主交纳正额地租外，往往还得向地主缴纳名目繁多的附加租。各种节令时日，农民要向地主缴纳鸡、豕、鱼、帛等等应时之物。除此而外，农民还需负担清政府的各种捐税。这样，农民终年辛勤所得，已大部甚至全部被地主阶级和封建国家剥夺殆尽，一遇水旱虫灾，农民竭其所有亦不能完纳地租捐税。因失去土地而沦为流民的大批农民，有的不顾清政府的禁令，进入清政府封禁的东北、蒙古及沿江沿海垦殖。他们披荆斩棘艰苦备尝；还得设法应付官府的驱逐，颠沛流离，难以安定；有的流落城镇。街头，沿街乞讨，朝不保夕。土地的高度集中，苛重的封建剥削，将广大农民逼得走投无路，无以为生，社会阶级矛盾迅速激化。在乾隆中叶社会矛盾普遍激化的情况下，川、楚、陕地区尤为尖锐激烈。这些地方的土地大部分集中在地主手里，大部分农民沦为佃农，终岁勤恳劳作，所得粮食除完交地主租息外，余存无几。“且佃户惟恐地主夺田另佃，往往鸡豕布帛，无不搜求准折，甚至有卖男鬻女，以偿租者。”③而这些地区政治的黑暗**，官吏肆无忌惮地贪赃枉法更甚于他处。乾隆末年，毕沅为湖广总督，福宁为湖北巡抚，陈淮为湖北布政使，这三人官官相护，千方百计婪索民财。当地人民形容他们三人说：“毕如蝙蝠，身不动摇，惟吸所过虫蚁；福如狼虎，虽人不免；陈如鼠蠹，钻穴蚀物，人不知之④。”乾隆末年，清政府为了镇压苗疆起义，“派及数省，赋外加赋，横求无已”⑤。由于湖北临近湘、黔，故差徭尤多，贪官酷吏，藉此“奉一派十，渔利侵肥”⑥。在封建统治者残酷的经济剥削和政治压迫下，这些地区成千上万的农民被迫离开祖居之地，成为流民。当时川、楚、陕边界的南山、巴山老林地区成为四川、湖北、河南、江西、安徽等省流民的集聚之地。
在四川、湖北、陕西三省交界地区，群峦起伏，丛林密布，千山万壑，深谷纵横，自然形势十分险峻。乾隆末年、嘉庆初年聚集在这里的流民达数百万之多。他们主要是失去土地的农民，失业的水手，以及因清政府的严缉而失去生活手段的靠私盐、私铸为生者。这些人扶老携幼来到深山老林，结草为棚，或垦荒，或到木厂、炭厂、林厂做工，但仍摆脱不了地方官吏、地主豪绅、地痞恶霸的压榨、欺凌。这些社会恶势力串通一气，“无风生浪，遇有棚民有事，敲骨吸髓”⑦。山民受其摧残，无处可以评理，更没有地方可以伸冤。备受凌虐的流民，被逼铤而走险，走上了以斗争求生存的反抗之路，流民成为川楚陕农民起义的基本群众。
川楚陕农民大起义是以白莲教为纽带，经过长期的酝酿、宣传、组织发动起来的。白莲教是一种历史久远的流传于民间的秘密宗教。白莲教向人们揭示的光明战胜黑暗的前景，它所宣传的“有患相救，有难相死”⑧的贫困相助，患难与共的互助精神和“教中所获赀物，悉以均分”⑨、习教之人“穿衣吃饭不分你我”⑩的教义，它的传教者采取的以行医、贸易的合法身份、授人以拳术、静坐、气功等健身方法的传教手段，对于处于水深火热中的破产的农民，失业的手工业者有很强的吸引力，故信奉者日众。白莲教自传世以来，一直是作为历朝封建统治者的对立物出现的。在中国封建社会历史上，发生过多次以白莲教为组织形式的起义，因而历代封建统治者对白莲教实行严厉禁止和残酷镇压。乾隆中期以后，随着社会矛盾的日益激化，白莲教的组织得到迅速发展。河南、安徽等地一些著名的白莲教首领，以祈祷、符咒、治病、行商为掩护，活跃在黄河、淮河、长江流域的广大地区。乾隆对被抓的白莲教首领采取“从重问拟，实力穷究，务绝根株”，（11）的残酷镇压政策。乾隆五十九年1794年六月以后，清廷开始了对六省白莲教的全面镇压行动。一时间，大批教徒被捕，许多著名教首被处死。还有许多地主官吏“竟以查拿邪教为名，四处搜求，任听胥役多方勒索，不论习教不习教，只论给钱不给钱”（12）。武昌知府常丹葵，奉檄查缉荆州宜昌，株连罗织数千人，惨刑勒逼。“以铁钉钉人壁上或铁锤排击多人，饥寒就毙，浮尸于江，殁狱中者亦无棺敛。”（13）四川达州知府戴如煌，“借查拿邪教为名，将殷实之家肆行讹诈”，“任内赃私狼藉，民怨沸腾”，他私设衙役至五千名之多，凡有习教之人，无不遭其索诈，以致不能安身，遂萌异志”（14）。乾隆末年清政府实行的查缉教徒，纵官虐民的反动措施，等于给布满干柴的川楚陕地区投下了火种，酝酿已久的川楚陕农民起义的熊熊烈火迅速冲天而起。
嘉庆元年1796年正月，湖北荆州、枝江、宜都的白莲教首领聂杰人、张正谟等，在“官逼民反”的口号下，首先举起了反抗的旗帜。宜昌长乐、长阳白莲教众起义响应。二月当阳教首杨起元率领教众杀死县官，占领了县城。三月初，襄阳、樊城教众在姚之富、王聪儿、王廷诏、张汉潮、高均德领导下举义响应，连续攻陷竹山、保康、来凤等地。起义迅速由湖北向四川、河南、陕西等省蔓延。数月之间，湖北西北部五府襄阳、郧阳、宜昌、施南、荆州一州荆门及四川的酉阳、河南的邓州、新野，到处都燃起了农民起义的烽火。起义军把斗争矛头指向封建地主阶级，提出“天上换玉皇，地府换阎王，另议孔夫子，不用四书五经”（15）的战斗目标。有的起义军还建立了自己的政权，自立年号，任命官吏。在迅速发展的各支起义军中，湖北襄阳义军发展最为迅速，势力最大，这支起义军很快拥有数万之众，遂成为起义军的主力。迅猛发展的白莲教起义，使清廷惊恐万状。太上皇乾隆立即调兵遣将，全力展开了对起义军的围歼镇压。清军首先将围剿目标集中于湖北襄阳，企图通过击破势力最大的襄阳起义军，达到“群盗自瓦解”的目的。起义军面对清廷大军围剿，毫不退缩，扩大活动范围，在广大区域内实行流动作战，使清军疲于奔命，劳顿不堪。在清军集中兵力围剿湖北起义军时，同年九月，四川达州徐天德，太平、东乡王三槐、冷天禄等“激于胥役”，相继率众起义，起义者中有乾隆在大小金川用兵失利时溃入老林的散兵游勇，时称“?噜党”者。其余大部分则是失业的手工业者、运输工人、破产农民，以及由湖北转移来的零散起义军。他们具有坚决的反抗意志，和“一旦揭竿如数习”（16）的丰富战斗经验。而川东数州县，皆连大小巴山，袤延千余里，起义军出没其中，清军无可奈何。四川起义军利用有利地形，大败清军。起义军乘胜向陕西境内发展，数支起义军分别向兴安府的安康、平利、紫阳等县发动进攻。嘉庆二年1797年正月，湖北襄阳起义军分兵三路挺进河南。起义军避开敌人的主力，“不整队，不迎战，不走平原，惟数百为群，忽分忽合，忽南忽北”（17）。起义军所到之处，穷苦农民纷纷加入起义行列。十多万白莲教起义队伍，或分或合，活跃在湖北、四川、河南、陕西等数省广大地区。从嘉庆元年开始，乾隆先后调遣陕西、广西、山东、直隶、山西、云南、吉林、黑龙江等省兵力以及京师健锐、火器营兵力，甚至“赦蒙古窃马谪犯之在湖广、河南者从军以助骑队”（18），都无法将起义烈火扑灭。嘉庆四年正月，太上皇乾隆带着对农民起义的刻骨铭心的仇恨死去，将镇压白莲教起义的遗愿和一个日渐衰败的王朝一同交给了嘉庆。
亲掌政权后的嘉庆，面对乾隆留下的种种严重的社会问题，毫不迟疑地将镇压白莲教起义摆到了议事日程的首位。对农民起义实行残酷地镇压，是嘉庆坚定不移的方针。嘉庆四年正月初四，嘉庆在亲政后的第二天，就在上谕中历数四川、湖北、陕西督抚及带兵大臣和各路将领“奏报粉饰，掩败为功”，“冒功升赏，营私肥橐”的种种劣行。嘉庆在上谕中说：因为在军营中可以捞到好处，即便是那些在京城供职的谙达、侍卫、章京等，遇有军务，无不营求前往。那些从军营返回京城的人，即使是平时家境很困顿的人，顿时家境也变得充实起来。这些人到军营大捞一把之后，往往以祭祖扫墓为名，托词请假，以所蓄之资回籍置产。正因为军营中有这样大的好处可捞，故而各路带兵大员，有意迁延，藉此肥己私囊。嘉庆诘问：你们的钱从哪里来?无非是婪索地方官所得。地方官又索之何处?又必取之百姓。老百姓的脂膏有多少?怎能供地方官不断索求?嘉庆断言：“此等教匪滋事，皆由地方激成！”嘉庆对各地官员、各路将领矫饰欺隐的做法尤其愤愤不已，他严令他们“戮力同心，刻期灭贼，有仍欺玩者，朕惟以军法从事”（19）。此后，嘉庆采取了一系列措施，以促进对农民起义的镇压。
诛和坤，清除妨碍军事围剿的军中积弊，是嘉庆采取的第一个重要措施。嘉庆认为，白莲教起义历经三载尚未荡平，完全是因为和?“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意旨，虚报首级，坐冒军粮”，以致“军务日久未竣，贻误军国”（20）。嘉庆为此毫不迟疑地诛灭了和?。在清除和?后，嘉庆立即着手解决影响军事围剿的另一重大弊窦――军中将领及督抚大员的冒功侵饷问题。为了围剿起义军，清廷自嘉庆元年至四年耗费军饷7000余万两。然而这成千上万两的军饷或被诸将克扣侵吞，用以寻欢作乐，“军营中酒肉声歌，相为娱乐。”（21）或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损。军，正是这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”，军营大员，“藉剿贼为名，稽延时日，不愿蒇事。……以养寇为肥身之计，以糜帑为饱橐之资。纵贼蔓延，日久未灭”（22）。嘉庆为了实现“刻期灭贼”的围剿计划，下决心对此大加整顿。嘉庆四年八月，湖广总督景安弹劾襄阳道胡齐仑冒功侵饷。嘉庆立命将胡齐仑逮交刑部审讯，籍没其家产。同年十一月，查证确实，胡齐仑经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送。他还将大量军饷据为已有。在查办胡齐仑案件时，仅在他的官署内即抄出白银51429两。据有人估算，胡齐仑侵饷达数十万之巨（23）。嘉庆愤怒地将其处绞，同时还对“公然提用军需正项，信任胡齐仑一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅加以处理，革其子世袭职。对受贿的统兵将领明亮、永保、庆成、鄂辉等人皆籍没其家。嘉庆在处理湖北胡齐仑冒功侵饷案时，同时令魁伦、广兴严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”（24）。为了及时掌握军饷的动用情况，嘉庆采纳了陕甘总督松筠提出的“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用混乱的情况得到扭转。这样就使财政已陷入困境的清廷有可能将军饷最大限度地用于围剿战争。
更易统兵大员，严惩不力将吏，严密军事部署，是嘉庆加速围剿农民起义的又一重要措施。嘉庆亲政后，针对当时从全国各地调遣而至的各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”（25）。嘉庆令勒保“带领重兵，或于川省，或于陕西，择扼要适中之地，居中调度，统摄各路”。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆还给勒保对不尊军令、贻误重大军情者，“一面拿究，一面具奏”（26）的特权。在任命勒保为经略大臣的同时，嘉庆授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路。”这样，嘉庆完成了亲政后新的军事部署。被委以重任的勒保，制定了先筹川陕的用兵计划。他坐镇四川，督率多路清军，在川陕地区对起义军围追堵截。然而，时过半载，据驻达州治四川军需的副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增，……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”（27）这说明，四川起义军不但没有被消灭，声势反而越剿越大。嘉庆迁怒于勒保。同年七月，嘉庆以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪。其经略事务，以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将明亮免职。嘉庆四年八月，卒以都统额勒登保代之。半年之内，嘉庆三易统兵大员，充分反映了嘉庆亲政后急于将农民起义镇压下去的急迫心情。
额勒登保系清军中一员悍将，他在清廷镇压苗民及川、楚、陕白莲教起义中，“战绩为诸军最”（28）。额勒登保不仅因其奋勇善战为嘉庆所看重，其军纪的严明和自身的廉洁更得嘉庆的赏识。额登保注重军纪，他的军队经过之地，民间竟能“无不安堵欢迎”（29）。额勒登保自律甚严，在清查湖北胡齐仑一案时，发现当时参预军事的有关督抚将帅无不受胡齐仑馈遗，独额勒登保一人是个例外。嘉庆最终选择额勒登保为经略大臣，这就为他成功地推行剿抚兼施的反革命两手策略准备了必要的条件。
清廷历经数载，耗帑千万而不能将川陕农民起义镇压下去，究其原因，实在和清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将起义军逐出管辖地段而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为名，远远避开起义军的锋芒，只是逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时民间流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”，“贼来不见官兵面，贼去官兵才出现”的歌谣，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安是其中最为突出的一个。景安率军驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南境内。然而，景安惟知远避尾随，故人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆亲政后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以严厉惩处。嘉庆以惠龄为贼所轻，令回京守制”；以宜绵“屯驻无贼之处，从未与贼交锋，且已老病，令解任来京”；以秦承恩“上午贼逼西安，……不即督兵剿贼，且官声平常，交刑部治罪”；以景安“堵剿皆不尽力，驻军南阳，任楚贼犯豫，直出武关，惟尾追不迎截，至有迎送伯之号，……特逮下狱，拟重辟”（30）。嘉庆又针对各地官员“皆自顾疆域，以逐出为邀功，从不力加痛剿”（31）的弊端，借严惩不力将吏官员之机，进一步明确了各省将吏防守围剿之责，令各省督抚将帅“各歼贼本境。倘有逸出邻境者即治以纵贼之罪；其邻省边备不严者，即治以疏防之罪”（32）。嘉庆于亲政后数月之内，更易统兵大员，严惩不力将吏，运转不灵的战争机器，在嘉庆的调拨之下，迅速运转起来。
实行剿抚兼施的两手政策，是嘉庆镇压白莲教起义的重要手段。清廷镇压农民起义历久不能奏效的事实，迫使嘉庆不得不改变乾隆时的单纯军事围剿政策，采取剿抚兼施的新政策。嘉庆宣布：“除著名各首逆自当悉数歼擒，断难宽宥外，其余逼迫附和之众，若有临阵投降，悔罪乞命者，不妨剿抚兼施，以期解散贼党”（33）。嘉庆四年正月，嘉庆在一份上谕中把这种政策阐释得更具体：“各路贼队中之良民，如有能缚献贼首，悔罪立功者，不但宥其前罪，尚可……格外邀恩。否则或潜行散去，或临阵投降，亦必释回乡里，俾安生业。”（34）嘉庆令勒保将此谕遍行晓谕川陕豫各地。此后，剿抚兼施政策被嘉庆采取各种具体办法将其付诸实施。优擢“良吏”，惩办贪官酷吏，是嘉庆推行剿抚兼施政策的重要措施。嘉庆如历史上所有的封建统治者一样，当他们面临农民起义的急风暴雨、陷于没顶之灾时，总是企图以惩办几个贪官污吏的办法，来逃脱覆没的命运。嘉庆亲政后，抓住起义军首领王三槐供词中“官逼民反”一句，将封建剥削、压迫罪责归咎于和?一人，并将和?作为替罪羊加以诛灭的做法，即是毫无新鲜之处的故伎重演。然而，和?既伏诛，川楚陕豫人民起义仍如火如荼。处于惶急窘迫之中的嘉庆，只好抛出更多的替罪羊。于是，老病贪劣在他治下民怨沸腾的四川达州知府戴如煌以及在奉檄查缉时，株连无辜数千，惨刑逼勒的武昌同知常丹葵均被逮京治罪。与此同时，一些为官清廉，官声尚好，政绩卓著的官员则被嘉庆视为推行剿抚兼施政策的得力工具被优擢任用。当时，四川广元县知县刘清、巴县知县赵华，渠县知县吴桂，均被破格保荐。后来的事实证明，嘉庆“害民之官必宜去，爱民之官必宜用”的政策，对推行剿抚兼施政策确起了很大作用。尤其是那些久负清名的官员。他们的被破格提拔，为嘉庆的招降抚绥政策所起的作用是其他措施无法与之相较的。广元县知县刘清，字天一，广顺人，由拔贡议叙，授四川冕宁县丞，寻擢南充知县，政声为一省之冠。嘉庆元年当白莲教起义爆发时，刘清即利用其声名，募乡勇500人，与总督英善所率清军相配合，进攻四川达州徐良德部起义军，又奉命赴罗其清、王三槐等部起义军中实行招抚，无功而返。嘉庆三年1798年，刘清署广元县事。总督勒保进攻驻扎安乐坪的王三槐部，久攻不下，复令刘清前往招抚。王三槐为清廷招抚宣传所误，对自白莲教起义来屡次率乡勇血腥镇压起义军的刘清深信不疑，竟“自诣大军”，被勒保拘执。勒保卑鄙地以“生擒首逆奏”，并将王三槐械送至京。嘉庆亲自讯问王三槐。当嘉庆责问王三槐何以背叛朝廷揭竿造反时，王三槐答以“官逼民反”。嘉庆又讯问：“四川一省官皆不善耶?”对刘清仍执迷不误的王三槐答称：“惟有刘青天一人。”王三槐所指刘青天即刘清。嘉庆听了王三槐之供大喜过望。有青天之名的刘清是可以在推行剿抚兼施的政策时发挥重作用的。嘉庆立即传谕总督勒保：“朕闻刘清官声甚好，每率众御敌，贼以其廉吏，往往退避引去。如果始终奋勇，民情爱戴，著勒保据实保奏。”（35）勒保遵命将刘清治绩战功奏上，嘉庆立即将其晋秩同知直隶州，赐花翎。于是刘青天之名闻天下。刘清获此殊遇，更加不遗余力地推行剿抚兼施政策。嘉庆四年1799年，已被加知府衔的刘清，奉参赞额勒登保之命，赴通江、巴州招抚起义军。起义军中先后投出20000余人，刘清以功加道衔，又擢建昌道。嘉庆五年1800年，刘清纠集民团守潼河，又奉勒保命继续招抚活跃于通江、巴山之间的起义军。刘清屯要隘，且剿且抚。起义军或被镇压，或被招抚，“巴州匪遂灭”，刘清大功告成。由此可见，嘉庆破格提拔像刘清一类的“清官”，对他最终地镇压白莲教起义是起了极大作用的。仅刘清一人，在军7年，先后招抚30000余人。对受抚群众的安置，是剿抚兼施政策成败的关键。嘉庆深知，经过多年战火，许多地方室庐焚荡，田亩抛荒，受抚之民“欲返则无所归，即归亦无所食，其势不得不托贼巢为栖身之所，藉盗粮为煳口之资”（36）。这样，势必使招抚成为空谈。嘉庆为了使“此番安集，即成永远规模”（37），遂命刘清及四川素有清名的州县官，悉心妥议，对于他乡流落者如何资送还农?失所无依者，如何编丁占籍?四川各地遵嘉庆之命采取各种形式安置、遣散接受招抚的起义群众。刘清采取“向富室巨商贷金”的办法重犒遣散起义者。勒保于四川采取了抚恤难民，给资安插的做法。嘉庆对此深表赞许，认为勒保这样做“使民生既获安全，贼党又可解散，为一劳永逸之计，是用所当用”（38）。继而，嘉庆认为，只是官给银两，仍不能从根本上解决问题，因为“难民就抚之后，无家可归，无地可种，即官给银两，藉资口食，只能赡给一时，亦岂能久安生计?若资粮用尽，无以自存，势必故智复萌，仍为草窃之事”（39）。嘉庆为此提出抚绥三策：“或清查叛产；或量给流亡绝户；或于南山老林垦荒，暂免升科。”（40）嘉庆四年十月，嘉庆获悉陕西终南山地区起义军已被镇压，于是提出将绵延八百余里的终南山山内老林，量加砍伐，“其地亩可拨给流民自行垦种，而所伐树木，即可作为建盖庐舍之用”（41）。嘉庆令地方官根据山内地方形势广狭，或分建县治，或设立厅署，并安设营汛，移驻兵弁，对新安置地区的群众加以管束弹压。嘉庆以为，在采取了这样一系列做法之后，可使流民成为土著，各安本业，“有恒产必有恒心”，就可以从根本上解决招徕安抚的问题了。然而，清政府对起义军的招抚及安置政策，并没有如嘉庆所期望的那样发生“翕然来归”的预期效果，起义军并没有因嘉庆的一纸诏令即“闻风踊跃，争先来归”。结果是“虽有招抚之空谈，总未能收解散之实效”（42）。恼羞成怒的嘉庆除了一面令经略勒保继续广为传谕朝廷的招抚安置政策而外，又发布了一道又一道残酷的围剿令，嘉庆五年正月，嘉庆在上谕中严命各地将吏：“必能剿而可以言抚。……一处未尽即一日不能蒇事”，对起义者“必须痛加歼戮”（43）。嘉庆对招抚失去了信心，声称：“看来此等匪徒，怙恶已深，愍不畏死，势难藉招抚为解散之计，惟有痛加剿杀，?尽根株。”（44）其实，嘉庆提出的剿抚兼施政策中的剿和抚都是服务于迅速将农民起义镇压下去这同一目标的，二者之间并没有本质的区别。嘉庆在实施这两手政策时，也是始终将血腥镇压置于首位的。嘉庆五年，面对剿、抚都不能立见成效的胶着之局，嘉庆亲制《邪教说》一篇，申明“习教而奉公守法者，不必查拿，其聚众犯法者，方为惩办”（45）。这种“但治从逆，不治从教”的虚伪宣传，也欺骗不了广大农民群众。因为清廷历来把白莲教视作异端邪说而严加禁止。从乾隆五十八年开始，更对白莲教徒实行残酷的镇压。川楚陕白莲教大起义正是由于清政府对白莲教徒滥捕滥杀而引起的。嘉庆的《邪教说》使广大人民进一步认清了清朝封建统治者的伪善面目。
实行寨堡团练的坚壁清野政策，是嘉庆为平定白莲教起义提出的各项政策中最为毒辣、亦最行之有效的政策。所谓坚壁清野，即“并小村入大村。移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生，贼至则闭栅登陴，相与为守”（46）。这种寨堡团练坚壁清野政策的提出和在部分地区实行，并不是在嘉庆亲政后。早在白莲教起义之初，一些起义军活动地区的地方将吏，针对起义军流动作战，随时随地得到人民的支持，而**不堪的八旗兵和纪律败坏的绿营兵因人民的反对而闭目塞听，只能对起义军尾随追击、被动挨打的情况，于湖北襄阳孝感的一二村市和长江沿岸的一些城镇修筑堡寨，以割断起义军与人民之间的紧密联系。这种做法收到了一定成效。嘉庆二年1797年九月，将军明亮、德勒泰建议清廷，于起义军活跃地区“劝民修筑土堡，环以深沟，其余因地制宜，或十余村为一堡，贼近则更番守御，贼远则乘暇耕作。”以使起义军“野无可掠，夜无可栖，败无可胁”（47）。清廷在当时尚没有认识到这种政策在扑灭白莲教起义中的重要作用。乾隆将筑堡团练的建议束之高阁。嘉庆亲政后，历经数月，多方整顿调度，仍不能置起义军于死地，遂广为推行寨堡团练的坚壁清野之策。嘉庆四年六月，嘉庆根据湖北孝感随州“寨堡团练”坚壁清野的经验，肯定这种政策为镇压起义之“良策”，且“行之已有成效”（48）。嘉庆命经略勒保等，于川、陕、豫等省各处村堡，仿照办理，“坚壁清野，以期贼踪敛戢”（49）。寨堡团练、坚壁清野之策从此开始被广泛推行。嘉庆四年七月，额勒登保继任经略，首先于川东川北各地“扼险筑寨，大者数千人，亦数百家，团练守御”（50）。额勒登保又令陕、楚“晓谕筑寨”。额勒登保不遗余力地推行寨堡团练政策，使嘉庆大为赞赏，令各地从速推行。既而，那彦成、松筠、台布、长麟将其行之于陕甘；后来，书麟、吴熊光将其行之于湖北。“先后三四载，堡寨告成”，使起义军“所至俱有堡寨星罗棋布”（51）。然而，这项政策在推行过程中，也不是很顺利的。有的省份推行得不十分迅速，其具体做法也不尽一致，效果自然也就不同。嘉庆为此大力加以督促。嘉庆五年，川东、川北因普遍实行“寨堡团练”，给起义军造成极大困难，起义军不得不离开川省转战陕甘。嘉庆因而指责陕甘督抚并未认真办理“寨堡团练”。嘉庆为此作了一个规定：“自后以剿捕责成领兵将帅，而团练守御则责成督抚。”（52）嘉庆再次严命“陕甘、湖广督抚严饬所属：山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守有成效者保奏，违者罪之”（53）。在嘉庆这一番实力督促之后，寨堡团练的政策才被普遍推广。面对“费帑不下十千万，调兵不下十余万，而贼奔突滋蔓如故”的现实，嘉庆深感八旗、绿营及各省所募散勇之不得力，同时各地也纷纷奏报兵力之不敷调用。因此，嘉庆在严命各地大力推行“扼险筑寨”、“掘壕筑堡”时，还极力提倡借乡勇之力来堵剿起义军，企图以团练乡勇的办法，节省“养疲兵，募散勇之资”，收“事半功倍”之效。嘉庆令各省督抚转饬地方官“聚集壮健，结队保守，贼至则合力迎御，贼去则仍安生业。……如百姓中有首先集勇御贼立功者，先行赏给顶戴，俟军务告竣后，送部引见。其办理妥协之地方官，亦据实奏明，候朕量加奖擢。傥不能实力督办，毫无守御，将地方官以军法从事”（54）。为提高乡勇的战斗力，嘉庆令各省改变过去“随时召集，贼至则聚而防守，贼去则散归本业”，以至“技艺生疏，毫无纪律，徒有虚名不得实用”的状况，要求对乡勇“勤加操练”，要“团而不散”（55）为了刺激各地乡勇头目更积极地为清王朝卖命，嘉庆又令改变过去军营中“临阵辄令乡勇居前，绿营兵次之，满兵、吉林、索伦又次之，……及战胜，则后队弁兵又攘以为功，而冲锋陷阵之乡勇反不得与，是以保奏皆满兵居多，绿营兵间有之，而乡勇见章奏者百无一二”的弊端，规定“嗣后乡勇有功，一例保奏，阵亡一例议恤”（56）。然而，嘉庆的一纸诏令，并不能杜绝军营中已成惯例的弊端，军中“无功者屡邀奖赏，而有功者转置不录”的情况仍然普遍存在。嘉庆不得不为此继续寻找对付的办法。嘉庆五年二嘉庆在上谕中宣布：“此后如再有乡勇出力，不行据实保奏，甚至将平日优待之人，冒名举荐，以及官兵等并未出力，攘他人之功以为己功者，并准乡勇自行首告，随时惩治。”（57）为了更有效地利用各地地主武装，嘉庆将团勇、乡勇严加区别，以各专责成，增强效用。他说：“如随营打仗，防守卡隘，官给盐菜、口粮，听候调拨者，谓之乡勇；百姓等自出己赀，修筑堡寨，择其中年力精壮各备器械，里民自行捐给口粮以为守御者，谓之团勇。”嘉庆全力推行的“寨堡团练”坚壁清野政策，给川陕农民起义带来严重后果。这种政策严重削弱了起义军赖以纵横驰骋、机动灵活地打击敌人的基础。因为它割断了起义军与广大贫苦人民的血肉关系，使起义军在人员的补充、粮秣的供给、情报的获取等方面产生了极大的困难。而各地乡勇、团勇或为清军查询道路、递送情报，成为清军耳目；或“百十成群，乘夜劫营”（58），”使起义军防不胜防，处处遭受突然袭击，日夜不得安宁。自清廷实行“堡寨团练”坚壁清野政策以来，白莲教农民大起义高涨的形势急转直下，“五年以前，贼势之炽者，以其到处裹人，胁从日众，抢掠民食，因粮于我也。自堡寨之议行，民尽依险结寨，平原之地，亦挖壕筑堡，牲畜粮米，尽皆收藏其中，探有贼信，民归寨堡，凭险据守。贼至，无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣”（59）。从封建统治者得意洋洋的矜夸之辞中，足见“堡寨团练”坚壁清野政策对川陕农民大起义的巨大破坏作用。
由于嘉庆亲政后，针对军中积弊和起义军本身的弱点，采取了一系列措施和新的政策，特别是寨堡团练坚壁清野政策，使起义军遭遇到极大困难，力量逐渐削弱。嘉庆五年下半年，许多著名的白莲教首领和起义军领袖相继被捕和战死，起义军不得不向川、陕、楚三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托南巴老林坚持斗争。对于这些拒不接受招抚、誓与清王朝斗争到底的起义军，嘉庆企图用重金悬赏的花招来捕杀起义军首领，使起义军因群龙无首而陷于瘫痪、瓦解。嘉庆六年1801年二月，嘉庆在诏书中对仍坚持斗争的义军首领实行列名悬赏：“现在群贼中，徐天德、王廷诏为起事首犯，高二即高天升、马五即马学礼、高三即高天德屡经戕害大员，元恶大憝，……因通谕立格，五逆擒歼一名者，官擢二等，兵勇超补守备，赏银二千；贼党缚献者，拔用千总，赏银一千。余如樊人杰、冉学胜、龙绍周、苟文明等，视此降一等有差。”（60）嘉庆在悬赏辑拿起义军首领的同时，又不断督促经略额勒登保与参赞德楞泰率军分路会剿，起义军面临的形势更加险恶。嘉庆六年二月，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等义军首领相继战死或被俘。至这年六月，起义军活动地区仅局限于川、陕、楚三省交界的老林寨堡之地，范围日见缩小，人数锐减至24000余人。然而，起义军没有放下武器，他们出没于丛山老林中，游击于清军力量薄弱的地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”（61）。前仆后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”（62）。为了对付起义军，嘉庆六年六月，清军各路将领于山西平利举行会议，确定了分兵合击的策略。德楞泰由西南逼攻，而额勒登保由东北邀击，两路会剿于三省之交。德楞泰还分选兵勇，每200为队，“冒教匪服色、旗号，以降贼为向导，或佯为合队，或乘夜袭营”（63）。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余10000多人。急于求胜的嘉庆限令额勒登保于嘉庆六年冬将起义军悉数歼灭。然而，嘉庆的限令并没生效。嘉庆七年1802年正月，活动于川北的义军首领苟文明联合其他零散起义队伍，聚众2000余人、骡马数百，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自以为已稳操胜券的嘉庆，因劳师糜饷、旷日持久而不能歼灭起义军而大动肝火，以惩办统兵将帅泄其愤。嘉庆以额勒登保撤防江兵勇及“追贼落后”，将其夺爵褫翎。五月，又以旷日持久、无方略，将其革职留任。同时，命令额勒登保“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏购”（64）。又给额勒登保立下“限六月内灭贼”的限令。额勒登保在嘉庆的催逼下，倾全力率军扑向起义军活动地区。义军首领樊人杰，苟文明等相继壮烈牺牲。但六月限期已过，起义军仍活动在丛山老林中，不断出击清军。直至嘉庆七年十一月，当起义军的著名首领大部分被俘或战死后，零星起义军千余人只能分散活动，其活动规模已非昔日可比。这一年十二月，经略额勒登保、参赞德楞泰会同川督、陕督、湖督，以大功戡定，用黄表朱里折六百里驰奏嘉庆报功请赏。嘉庆获报，大喜过望，立即“祭告裕陵，宣示中外。”对镇压白莲教起义的有功诸臣论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。嘉庆虽然以大功底定宣示中外，但没有立即下令撤兵罢战。嘉庆深知“一贼不尽，皆可滋蔓”的教训，因此，他命令经略、参赞“毋遽来京”，领兵诸帅也不要忙着解甲，仍要他们屯兵险要，穷追残余的起义军。直至嘉庆八年1803年七月，当嘉庆得到额勒登保“三省肃清”的奏报后，才令大批清军撤离。然而，嘉庆始料不及的是，在川、陕、楚三省交界处，起义军余部乘清军纷纷撤离之机，纷纷突出老林，四出活动。而大批乡勇与起义军的联合，使濒临最后失败的川楚陕农民大起义大有重振雄威的势头。清王朝在宣布“彻底肃清”后，大量撤裁乡勇。每名乡勇规定由官府给银五钱缴刀矛，银二两资送回籍。但是，绝大多数乡勇系贫无立锥之地的流民，他们本无家可归，无业可就，无田可耕。被遣散的乡勇纷纷进入深山老林，和起义军余部结合起来。而这时的起义军余部，人数虽不多，然而皆历经百战之余，有丰富的作战经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”（65）使清军剿不胜剿，防不胜防。统兵大员们一时束手无策，“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二三百贼而三省不得解严。”（66）嘉庆九年1806年二月，嘉庆只得再次派遣还京不久的额勒登保出都，以钦差大臣头衔赴陕，会同德楞泰围剿起义军。至这年九月，各路皆报肃清。然而，起义军余部的活动一直没有停止，直到嘉庆十年1805年五月，起义军的最后一个元帅王世贵牺牲，川、楚、陕农民大起义归于失败。
历时九年、遍及五省的白莲教农民起义被残酷地镇压了。嘉庆为镇压起义，先后调集了全国十六个省的兵力，耗费白银2亿两。清政府在镇压起义中，损失一二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，清政府拥有的武装力量因而受到极大的削弱，清王朝受到自立国以来前所未有的沉重打击。清廷镇压白莲教起义久久不能奏效的事实，充分暴露了清王朝外强中干的本质。从此，这个王朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆竭尽全力、尽其所能刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报又起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年1800年即发难于闽浙沿海，力量逐渐壮大。嘉庆九年1804年，起义军战船80余艘，进入福建沿海。福建水师避而不战，起义军击败浙江总兵胡振声。嘉庆愤而将金门镇总兵吴奇贵、副将张世熊等治罪，以福建水师提督李长庚总统闽浙水师，率温州、海坛二镇为左右翼，专剿蔡牵起义军。然而起义军仍不断发展。嘉庆十年1805冬，蔡牵聚集战船百余艘，率众2万多进攻台湾，自号镇海王。义军的迅猛发展，引起嘉庆的重视。这时，白莲教大起义已被镇压，这使嘉庆得以增强对蔡牵起义军的镇压力量。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆派将军赛冲阿，调四川兵3000赴剿。但是，起义军依靠战船武器的优势，和沿海人民的大力支持，顽强地抵御清军。起义军历经酷战“篷朽硝缺，一回闽地，装篷?洗，焕然一新，粮药充足”（67）。足见起义军和沿海人民的密切联系以及沿海人民对起义军大力支持的作用。而清军战船不得力，督臣又以费时费财不肯造新船，福建文武大员亦不能与海上的军事行动协调行动。嘉庆针对以上情况，不断采取措施，克服这些弊端。嘉庆为此撤换了督抚大员。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆诏责闽浙总督玉德历年废弛。不久，将其褫职，逮问治罪，以阿林保代之。后来，嘉庆又指责阿林保莅位苟且，忌功掣肘，专以去李长庚为事。嘉庆十四年1809年，又以方维甸代之。除了撤换剿办不力的督抚大员而外，嘉庆又故伎重演，把在川楚陕镇压白莲教起义的成功经验搬到了东南沿海。嘉庆十四年八月，嘉庆令于福建广东“近海各处村庄劝谕乡民各卫身家，自行团练，贼来既可抵御，贼去仍安旧业”（68）。嘉庆企图再次以寨堡团练的办法来割断沿海人民和起义军的联系，并增强围剿起义军的力量。同年，嘉庆还采纳了两广总督吴熊光的建议，“尽改粤粮水运为陆运，其南澳厅及琼州隔海者以兵护送，其硝磺各厂亦改商归官”（69）。企图以此斩断起义军粮食、火药的来源。蔡牵起义军在清军的全力镇压下，于嘉庆十五年1810年二月陷于失败。嘉庆王朝渡过了又一次危机。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年1813年，对清王朝造成更大威胁的天理教农民起义又在中国的北方、清王朝统治的心脏地区爆发了。
天理教又名八卦教，属白莲教的一个支派。直隶大兴的林清和河南滑县的李文成是著名的天理教教首。林清，祖籍浙江，后移居直隶大兴黄村，曾当过大兴巡检司书吏、江南粮道和丹阳县衙门的长随。嘉庆十一年1806年入教。因他经常赈济穷人，“有告贷者，辄给之，乡村仰食者万余家”（70）。故深得教众拥戴。入教不久，即被推为首领，主坎卦，称“天皇”。李文成，木工出身，嘉庆十六年1811年被推为教首，掌震卦，称“人皇”。天理教教首除林清、李文成而外，尚有冯克善、牛亮臣等。天理教盛行于山东、河南、河北、山西数省地区。由于它反映了贫苦群众摆脱贫困压迫、避劫消灾的愿望，故贫苦群众争相信从。教徒主要是农民、城市贫民、小手工业者和清政府的下级属吏、宫廷的低级太监等。教徒须每月纳钱少许，名曰根基钱、种福钱等，期待将来得到数十倍的补偿，甚至得到农民梦寐以求的土地。“输钱百文，许地一顷”的许诺，对广大农民无疑有很强的吸引力。
林清秘密于近畿一带宣传发动群众，尤其注重联络宫中低级太监入教。清宫中太监大多来自直隶农村贫苦之家，许多家庭素习天理教等宗教。加上他们入宫后，极端低下的社会地位和备受凌辱的生活境遇，使他们很容易就成为各种宗教的信仰者。李文成活跃在直隶、山东、河南一带，拥众数万，势最盛。林清、李文成南北呼应，积极准备发动武装起义。嘉庆十七年1812年正月，各地教首聚会河南滑县道口镇时，决定于嘉庆十八年1813年九月十五午时起事。约定届时李文成首先于河南滑县发动。同时，河南、山东、直隶各地即时响应，随后各路起义军直捣幽燕。林清则潜发于北京城内，在宫内太监的接应下，直捣内廷。内外配合，首先夺取北京城。起义计划确定后，李文成私买战马，蓄养士卒，铸造甲仗，颁发旗号，开始了紧张的起义准备工作。李文成等人的活动为滑县知县侦知，立即密封告知河南巡抚高杞、卫辉知府郎锦骐，但没有引起他们的重视。滑县知县强克捷决定自行其事，将李文成、牛亮臣等二十四人被捕下狱。李文成等遭严刑拷打，李文成足胫被夹断。天理教的其余首领以事迫不能俟期，被迫提前发动。嘉庆十八年1813年九月初七日，天理教徒3000余人攻进滑县县城，于大狱中救出李文成等，知县强克捷被愤怒的起义群众杀死。起义军据滑县，李文成于县署内设帐理事，封官拜将，受封者计有90多人。起义军还占领了军事重镇道口镇。滑县天理教起义后，早有准备的河南，山东交界处各县天理教徒纷纷响应。直隶境内的定陶、金乡、曹县亦同时“杀官围城”。嘉庆闻报，急令河南巡抚高杞，督同河北镇总兵色克通阿防堵，防止起义军渡河北上。以直隶总督温承惠为钦差大臣，偕古北口提督马瑜剿灭长垣、滑县起义军。又命山东巡抚同兴巡防山东边境，平定曹县、定陶等地起义军。又命陕西提督杨芳赴直隶“协剿”。河南、山东天理教起义军受到清军的四面阻遏。因而没能如约北上进攻北京。而蛰居京畿黄村的林清没有等待北上援军，在原定日期开始行动。林清将教徒200余人分为东、西两队。一队以祝五、屈五为首，由东华门进攻禁城；一路以李五、宋进财为首，由西华门进攻禁城。九月十四日，起义军由宣武门分别潜入北京城，“藏兵器，混入酒肆中”（71）。九月十五日午刻，东队由太监高泰、高广福引领进西华门。按照预先约定，太监王福禄、阎进喜在内接应。林清居黄村，坐待河南起义军至而后进。进入东华门的起义军，很快即被防守禁城的官兵觉察，城门立即被关闭，起义军大部被迫于混乱中撤离，冲入宫廷者仅陈爽等十数人。冲入内廷的起义军在协和门下遭到清廷侍卫的顽抗。起义军舍生忘死，拚死搏战，打伤许多护军，最后起义军也因力量过于单弱，被官兵擒杀。西路起义军80余人，进入西华门。起义军西向进攻大内，“误由尚衣监、文颖馆斩关入”，内廷侍卫得以关闭通向大内的隆宗门。在隆宗门外，起义军和官兵展开了一场生死搏斗。隆宗门久攻不克，二名起义军土兵奋勇越墙进入内廷被内监杀死。部分起义军又奋不顾身地由门外诸廊房“逾墙窥大内”，越墙进入内廷。这时，大部分起义军仍聚攻于隆宗门外，准备焚毁隆宗门。午后申时，诸王大臣率兵自神武门入内，镇国公奕灏将准备征发去镇压滑县起义的1000多火器营官兵调入增援。起义军很快陷入众寡悬殊的境地，起义军被擒被杀者70多人。当北京城内这场惊心动魄的搏斗发生时，嘉庆正行围热河，不在京师。皇子?宁等先还京师，身临其境。急迫中，?宁用鸟枪击中两名欲逾墙而入的起义军。事变发生的第二天，嘉庆才得到详细报告。嘉庆十分震惊。十七日，下诏罪己，装模作样地作了一番自我批评，同时，又把发生事变的责任完全推给下面，指责诸臣“因循怠玩”，“致酿成汉唐、宋明未有之事”（72）。嘉庆在热河还宫的途中，即迫不及待地谕令新任步军统领英和于京城及近畿大肆搜捕，“其三品以下官员以及军民铺户人等俱著逐户挨查”（73）。在清军的大搜捕中，林清于黄村被捕。十九日嘉庆还宫，于瀛台亲讯林清及内应太监，令“皆磔之，传首畿内”（74）。天理教起义军进攻皇宫的壮举被嘉庆淹没于血泊中，起义失败了。然而，隆宗门匾额上至今仍残留的箭镞痕迹，是中国农民阶级英勇无畏地反抗清朝封建统治的见证，它将成为中国人民的一笔精神财富，鼓舞千千万万的后来者。
进攻皇宫的起义军被镇压了，但燃及河南、直隶、山东的天理教起义仍在迅速发展。李文成起义军据滑县，精锐集中于“临运河，有积粮”的道口镇。嘉庆从天理教教徒突入宫门的严酷现实中意识到活动于清朝统治心脏地区的天理教起义军给清朝统治带来的巨大威胁，因此在对北京及近畿天理教徒大力镇压以后，立即重新部署兵力，妄图一举扑灭天理教起义。嘉庆以陕甘总督那彦成代替温承惠为直隶总督，佩钦差大臣关防，令其节制山东、河南诸路清军，陕西提督杨遇春副之；又调满洲健锐、火器营兵2000及西安、徐州兵数千前往围剿。十月，那彦成至卫辉。因滑县、道口起义军兵力强盛，那彦成遂以“厚集兵力，一鼓灭亡”为辞，屯兵不进，并请俟调山西、甘肃、吉林索伦兵5000而后进。那彦成的迟疑观望，使求胜心切的嘉庆很恼火，“诏切责之”，那彦成在嘉庆的催逼下开始采取军事行动，渐次攻陷起义军据守的道口外围的周潭村、连庄、罗家寨等地。起义军撤回道口，挖壕固守。十月二十七日，清军会攻道口。起义军据城固守，终因抵挡不住清军猛烈的炮火及马步兵的连续攻击，道口失陷。数以万计的起义军死于敌人的炮火中，道口镇中“尸骸枕藉，盈街满屋”（75）。起义军的力量受到严重损失。嘉庆在清军攻陷道口后，一面令清军进围起义军基地滑县，同时遣将调兵，镇压直隶开州起义军，山东曹州起义军，妄图一举扑灭三省起义军。在清军全力围攻下，十月，山东境内的数支起义军先后失败。十一月，直隶天理教重要首领冯克善在献县被清军俘获，直隶境内的起义军亦归于失败。嘉庆在剿灭山东、直隶起义军后，立即命令将兵力集中进攻滑县。滑县为滑州旧治，城墙坚厚，外砖内土中沙，清军炮火也奈何它不得，再加起义军为坚守滑县作了充分准备，储备的粮食足支一年。面对这样一座壁垒森严的城池，清军以10000余兵力将其重重围困。滑县的形势日益危急，据守桃源的义军首领刘国民潜入滑县城，轻车载负胫创不能骑的李文成突出因一苇塘清军无法围困的北门，进入辉县山中的司寨。那彦成立命将领率军追击。十一月十九日，清军设伏白土岗，将突出司寨的起义军2000余人击溃，清军紧紧围困住司寨。二十日，清军对司寨发动总攻击。起义军据险守御，自晨至午，双方伤亡很大，“坠涧壑死者无算，尸与涧平。”⑩清军踏着枕藉的尸骸越壕而入，起义军与之展开了激烈巷战，起义军退守十余座以砖石作墙的碉楼，抗击着数倍于自己的敌人。无计可施的杨芳残忍地下令焚寨。立时寨内烟火蔽天，起义军被烧死无数。李文成、刘国民被围困于一碉楼中，誓不投降，举火**，“数十人群相拥抱而死”（77）。据守司寨的起义军数千人全部英勇战死。司寨失陷后，滑县成为起义军最后一个据点。嘉庆令将各路军马调集滑县，昼夜环攻。这时，陕西岐山县三才峡木工又举起了反清武装起义的旗帜，嘉庆更急不可耐地“督诸将刻期破贼”（78）。由于滑县城墙坚厚，起义军坚持不懈地守御，使清军围攻滑县数旬不克。清军于城外掘隧道十余条，都被起义军发现，“或水灌之，或濠截之”（79）。诡计多端的杨芳佯筑他栅，吸引起义军的注意力，同时遣人仍掘旧壕，实满火药。十二月初十日，随着一声惊天动地的巨响，西南角城墙被地雷崩裂二十余丈，清军乘势涌入。起义军据民房顽强抵抗，“巷战至夜”。滑县县城被清军攻陷，滑县内的起义军二万余人在血战中牺牲。清军攻陷滑县后，进行了残酷的大屠杀。城内“积尸若山阜”。起义军首领大部战死，牛亮臣、徐安国等被槛献京师，嘉庆令将其凌迟处死。嘉庆在继镇压白莲教起义后，又残酷血腥地镇压了直隶、山东、河南的天理教起义。
综览嘉庆一朝，人民的反抗，几乎没有停止过，这正是当时社会阶级矛盾极度尖锐化的反映。嘉庆企图以对农民起义的残酷镇压来挽救王朝的统治危机。然而，压迫愈重，反抗愈烈。嘉庆对人民起义的血腥镇压只会激起人民更大规模的反抗。嘉庆朝历久不衰的人民反抗斗争浪潮，预示着清王朝不可避免的日渐走向衰亡的命运。